特別な対応が必要な感染症の患者を治療する医療施設です。
日本における感染症指定医療機関は、特定感染症指定医療機関（4医療機関）、第一種感染症指定医療機関（56医療機関）、第二種感染症指定医療機関（351医療機関）があります（医療機関数は令和3年10月1日現在のもの）。
このうち、第二種感染症指定医療機関は、「感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律」6条3号に規定する急性灰白髄炎（ポリオ）、結核、ジフテリア、重症急性呼吸器症候群（SARS）、中東呼吸器症候群（MERS）、鳥インフルエンザなどの二類感染症を担当します。

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